高速下载 EBI NCBI 测序数据（SRA，Fastq等）

一、测试环境及工具

Linux（Ubuntu 18.04.1）
Aspera （Aspera Connect version 3.9.9.177872）

Aspera 适用于所有的 Linux 版本，可以按步骤测试在CentOS，Fedora等其他 Linux 发行版的效果

二、Conda 方式安装 Aspera

conda install -y -c hcc aspera-cli

这里需要安装Conda (这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解

三、传统方式安装 Aspera

官网下载：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list

mark

csdn下载： https://download.csdn.net/download/u011262253/10402259

wget 下载：wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz

安装及配置

1. 解压

tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz

2. 安装

./ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh

3. 配置许可

sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/

4. 配置程序环境变量

vim ~/.bashrc

在末尾加上你的aspera所在目录

export PATH="/home/baimoc/.aspera/connect/bin:$PATH"

立马生效

source ~/.bashrc

5. 配置秘钥

新建配置目录

mkdir /home/baimoc/.aspera/config/

复制到配置目录

cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/baimoc/.aspera/config/

四、测试

1. 一个例子

ascp -QT -L /home/baimoc/logs -l 100M -P33001 -i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz ./out_path

2. 常用参数介绍

命令	含义
ascp	aspera的可执行文件
-QT	禁用进度显示
-L /home/baimoc/logs	日志文件路径
-l 100M	最大传输
-P33001	SSH传输端口
-i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh	密钥文件路径
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz	资源路径
./out_path	文件保存路径