生信自动化分析流程 nf-core 的离线运行（图文详解）

Nextflow 包括流程代码，软件，参考基因组，甚至远程数据源

由于众所周知的原因，需要在离线系统运行流程，下面我们来安装 nf-core。

Nextflow

在 Linux 系统安装好 Nextflow

mark

chmod +x nextflow-20.04.1-all

./nextflow-20.04.1

安装好后，修改配置文件禁止Nextflow自动更新

vim ~/.bashrc

在最末尾加入

export NXF_OFFLINE='TRUE'

source ~/.bashrc

流程代码

一般，一个离线流程包括源码，软件和配置文件。nf-core 提供了一个辅助工具 helper tool 帮助我们搭建。

运行nf-core list查看有哪些流程

mark

离线下载nf-core/rnaseq

nf-core download nf-core/rnaseq

加入--singularity ，可以获取 Singularity container

什么是Singularity ？

https://singularity.lbl.gov/

下载下来会是一个安装包，解压即可

运行该流程，nextflow run <directory>

https://nf-co.re/tools#downloading-pipelines-for-offline-use

使用 iGenomes 参考基因组

一些流程需要参考基因组和 AWS-iGenomes 的集成。这里需要下载这些相关的离线资源。

Illumina iGenomes

为了更容易的使用参考基因组，Illumina 开发了一个名为 iGenomes 的项目。

iGenomes:<https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html

nf-core 将iGenomes在 AWS S3上，创建了AWS-iGenomes

下载：https://ewels.github.io/AWS-iGenomes/

一般情况，使用--genome GRCh38 即可自动下载

为了减少时间和带宽的浪费，最好做个本地资源。然后通过设置指定参考基因组的位置。

params.igenomes_base = '/path/to/data/igenomes/'

使用

使用--genome GRCh38 就会调用本地资源。

自定义参考

如果你不能使用 AWS-iGenomes ，可以在命令行上提供参考基因组路径。

配置自定义参考

如果重复使用相同的引用，则将这些路径保存在nextflow配置文件中会更方便。支持AWS-iGenomes的管道也可以配置为支持自定义基因组ID和路径。

params {
  genomes {
    'YOUR-ID' {
      fasta  = '<PATH TO FASTA FILE>/genome.fa'
    }
    'OTHER-GENOME' {
      // [..]
    }
  }
  // Optional - default genome. Ignored if --genome 'OTHER-GENOME' specified on command line
  genome = params {
  genomes {
    'YOUR-ID' {
      fasta  = '<PATH TO FASTA FILE>/genome.fa'
    }
    'OTHER-GENOME' {
      // [..]
    }
  }
  // Optional - default genome. Ignored if --genome 'OTHER-GENOME' specified on command line
  genome = 'YOUR-ID'
}